В письме от 8 сентября 2017 г. N 03-04-05/58030 Минфин ответил на вопрос об НДФЛ в случае прекращения договора на ведение индивидуального инвестиционного счета в связи с банкротством организации - эмитента указанных ценных бумаг.

Налогоплательщик имеет право на получение инвестиционного налогового вычета в сумме денежных средств, внесённых налогоплательщиком в налоговом периоде на индивидуальный инвестиционный счёт.

В случае прекращения договора на ведение индивидуального инвестиционного счета до истечения трёх лет с даты его заключения (кроме случая расторжения договора по причинам, не зависящим от воли сторон), без перевода всех активов, учитываемых на указанном счёте, на другой индивидуальный инвестиционный счёт, открытый тому же физлицу, сумма налога, недоплаченная из-за налоговых вычетов, подлежит восстановлению и уплате в бюджет с взысканием пеней.

Физлицо вправе потребовать возврата учтённых на его индивидуальном инвестиционном счёте денежных средств и ценных бумаг или их передачи другому профессиональному участнику рынка ценных бумаг, с которым заключён договор на ведение индивидуального инвестиционного счета. Это не допускается без прекращения договора на ведение индивидуального инвестиционного счета.

Таким образом, если физлицо требует указанного возврата до истечения трёх лет с даты заключения договора, действует правило о доплате налога и уплате пеней.